琼纳伦意为大纳伦，流经天山中部高山盆地。冰川与积雪补给源流，水从阿克希拉克高地下行，与小纳伦河汇合成纳伦河。河流随后向西流往费尔干纳，最终汇入锡尔河。上游周围是陡峭山脊和寒冷高谷，与远在下游温暖的耕作低地形成对比。