埃基特位于勒拿河下游，在库叙尔以北、广大北极三角洲的上游。勒拿河在此流经北方山地与宽阔泛滥平原之间，分出众多水道，穿过湿地和湖泊。大河汇集西伯利亚辽阔流域的水流，送往拉普捷夫海。漫长冬季冰封河谷，短暂夏季才让众多水道重新开放。