博斯腾位于天山以南焉耆盆地的大湖之畔。这片湖水在早期汉文记载中称为西海，接纳开都河来水，又是孔雀河的源头。西南湖岸分布着小湖群与广阔芦苇沼泽，鱼类和水鸟丰富。开阔水面和湿地与盆地四周的干燥土地形成鲜明对照。