婆罗科努山脉构成伊犁盆地的北部屏障，将较为湿润的河谷与北面的干旱准噶尔地区隔开。高峰覆盖积雪和冰川，融水汇入从山间流下的溪流。南坡部分地区生长着森林和草地，向北则逐渐干燥。这条绵长的山脊是天山主要支脉之一，决定着两侧土地的水流方向。