巴尔喀什湖横卧在天山以北的巨大内流盆地中。一道狭窄水道将湖水分为性质不同的两半：西部近乎淡水，东部则呈微咸至咸水。伊犁河从南方注入，形成遍布河道、沼泽和芦苇的广阔三角洲。在湖泊周围干旱的平原与沙地之间，这片湿地为鱼类和水鸟提供栖身之处。