巴卡纳斯河流经巴尔喀什湖以北干燥的高地，支流包括达干杰利河和阔克萨拉河。极湿润的年份里，它的河水能流入阿亚古兹河，后者通向巴尔喀什湖；更多时候，河水在汇合前便消失。巴卡纳斯河及附近河流的谷地切入湖北方开阔的草原，流水量随季节大幅变化。