巴格达林位于布里亚特东北部白山南麓、同名河流旁。巴格达林河汇入小阿马拉特河，属于维季姆河水系。森林丘陵与河谷环绕水道，维季姆河最终将水流向北送入勒拿河。这片内陆地区位于巴温特盆地与西伯利亚南部高地之间。