巴嘎淖尔位于二连浩特以东的东戈壁地带。这片蒙古高原属于寒冷荒漠气候，降水稀少且集中在夏季，冬天十分严寒。盐湖和荒地散布于稀疏的植被之间，地表从石质荒漠逐渐过渡为草地。这里是横跨蒙古南部与中国北方的广大干旱地带的一部分。