巴巴群岛位于班达海南部，介于帝汶以东诸岛与塔宁巴尔群岛之间。巴巴岛周围有代、韦当和马塞拉等小岛，彼此隔着海水。群岛的热带森林属于雨季与旱季变化鲜明的地区。岛民的聚落面向海峡，通过水路与印度尼西亚东南部更广阔的岛链相连。