阿亚佩尔湿地横跨圣豪尔赫河流域低地，宽阔的浅湖与水道随河水季节涨落变化。淹水森林、沼泽和开阔水面构成鱼类与水鸟丰富的环境。圣豪尔赫河接入更广阔的马格达莱纳水系，湿地也是连接加勒比平原与南方河流的内陆水网的一部分。