安科纳

这份自由只中断过一次。1348年，黑死病横行，城中大片房屋又毁于火灾，里米尼的马拉泰斯塔家族趁机夺取了安科纳；七年后，红衣主教阿尔沃诺斯替教宗赶走了他们，在城中修起一座大堡垒，1383年安科纳人围攻这座堡垒，把它拆成了平地。共和国与海对岸的拉古萨结盟，守着一条绕开威尼斯、直通君士坦丁堡的商路。1464年，教宗庇护二世来到这里，准备发动讨伐奥斯曼人的十字军，船队还没出发，他就死在了城中。安科纳最终是被计谋夺走自由的：克雷芒七世借口土耳其人即将来袭，派小安东尼奥·达·桑加洛在城边山上修筑要塞；1532年9月19日，要塞的炮口对准了全城街道，安科纳未作抵抗就交出了独立。

在教宗治下，这座港口依然向外来者敞开。躲避奥斯曼扩张而来的希腊商人是城里最大的外国群体；犹太人从1556年起被限居在隔都，1569年庇护五世把犹太人逐出教宗国时，除罗马和阿维尼翁外，只有安科纳准许他们留下。1733年，克雷芒十二世下令延长码头，并由路易吉·范维泰利在港内一座五边形小岛上建起检疫所。