准噶尔阿拉套山耸立在准噶尔盆地西北缘，高山脊上覆盖积雪与冰川，河流从山中流向周围干旱地带。山脉东端止于准噶尔门：这道位于阿拉套与巴尔鲁克山之间的宽阔缺口，将盆地与外侧草原相连，长期为穿越高山屏障的人们提供通道。